Madrasah Ulumul Qur’an (MUQ) Kabupaten Pidie dibentuk dan didirikan berdasarkan surat keputusan Bupati Pidie No. 636 tahun 2006 Tanggal 16 Agustus 2006 dan diresmikan oleh Bupati Pidie (Ir. H. Abdullah Yahya, MS) pada tanggal 15 Nopember 2006 di lokasi Balai Pengajian Al-Amin Tijue Kecamatan Pidie. Madrasah Ulumul Qur’an (MUQ) pada saat pertama berdiri dan diresmikan memiliki 15 Orang Santri terdiri dari 7 orang santri laki-laki dan 8 orang perempuan dan 4 orang Ustadz dan Ustadzah, dengan program khusus Tahfizhul Qur’an (menghafal Qur’an). Sementara biaya penyelenggaraan seluruhnya dibebankan pada APBK Kabupaten Pidie dan berlangsung sampai dengan saat ini.
Para santri disamping menghafal Al-Qur’an juga mengikuti pendidikan formalnya di madrasah dan sekolah umum yang terdekat dengan asrama Madrasah Ulumul Qur’an (MUQ) diantaranya di komplek pelajar Tijue dan sekitarnya.Pada tahun 2009 semua aktifitas belajar mengajar dipindahkan ke kampus baru yang berlokasi tidak jauh dengan komplek balai pengajian Al-Amin ± 300 meter yaitu di Jln Tijue – Cot Teungeh No. 30 Tijue Kecamatan Pidie.
untuk mendukung program tahfizul quran pada tahun 2015 MUQ membuka program pendidikan Sekolah Menengah Atas Ulumul Quran dengan tujuan supaya santri yang belum menyelesaikan hafalanyanya pada jenjang MTS supaya dapat menyelesaikan pada tiga tahun berikutnya pada jenjang SMA.
Program Pendidikan ini berdiri Pada tahun 2015, lahirnya Jenjang Pendidikan Menengah ini dilatarbelakangi oleh banyaknya lulusan MTsS – UQ yang masih ingin menyelesaikan hafalan Alquran mereka hingga khatam 30 Juz. Sejak mulai berdiri SMAN-UQ masih berstatus swasta dan pada awal tahun ajaran 2016/2017 berubah status menjadi negeri berdasarakan SK Bupati Pidie Nomor. 420/295/KEP.12/2016.